Op basis van art. 44, § 1, 1° van het btw-Wetboek wordt bepaald dat artsen genieten van een vrijstelling op btw-vlak, met name voor wat betreft de verstrekking van geneeskundige verzorging en alle verrichtingen die nauw verband houden met de normale uitoefening van het beroep. Dit betekent dat een arts normaliter geen btw-aangiften moet indienen, waardoor hij ook geen btw kan aftrekken. Hierop zijn 2 uitzonderingen voorzien:
Uitzondering 1: Prestaties m.b.t. klinische proeven
Op 21 februari 2011 werd door de btw-Administratie hier een uitzondering op gevestigd, met name voor artsen die klinische proeven, experimentele onderzoeken en andere observaties verrichten ten behoeve van farmaceutische bedrijven of onderzoeksbureaus.
Artsen die dergelijke prestaties leveren, moeten hiervoor facturen opmaken met 21% btw. Tegelijkertijd kunnen ze ook de btw die betaald werd op zaken die aangekocht werden om die studies uit te voeren, terugvorderen van de staat.
Uitzondering 2: Behandelingen met esthetisch karakter
Volgens art. 44, § 1, 1° WBTW geldt de vrijstelling van de btw niet voor ingrepen en behandelingen met een esthetisch karakter. Het gaat hier om louter esthetische prestaties verricht door artsen die daarenboven niet zijn opgenomen in de RIZIV-nomenclatuur. Indien ze wel in de nomenclautuur opgenomen zijn, mogen ze niet in aanmerking komen voor een terugbetaling door de verplichte ziekteverzekering.
Esthetische ingrepen zijn ingrepen en behandelingen zonder enig therapeutisch of reconstructief doel, waarbij vooral beoogd wordt het lichaamsuiterlijk van een patiënt om ethische reden te veranderen (Besl. 22 maart 2016, nr 9).
Er geldt een vrijstellingsregel voor kleine ondernemingen. Deze regeling houdt in dat een arts die een jaaromzet uit research haalt of ingrepen en behandelingen verricht met een esthetisch karakter van maximaal 25 000 euro (vanaf 1 januari 2014), geen btw hoeft aan te rekenen en af te trekken.